口蹄疫与手足口病是截然不同的两种传染病，主要有以下区别：

    （一）疾病名称与疾病分类不同

    口蹄疫（Aphthae Epizootic），在《国际疾病分类》（ICD）中，列为ICD-10 B08.802。

    手足口病（Hand foot mouth disease），在《国际疾病分类》（ICD）中，列为ICD-9 074.3和ICD-10 B08.401。

    （二）病原体不同

    口蹄疫的病原体为口蹄疫病毒，属人畜共患病原体。

    手足口病是由数种肠道病毒感染所致，各地流行中常见病原是柯萨奇病毒A组16型(即CoxAl6)等。

    （三）传染源不同

    口蹄疫病毒只引起偶蹄类动物如牛、羊、猪、鹿、骆驼等发生，成为人患口蹄疫的传染源。只有先出现兽疫，才有可能使人患病。

    手足口病的传染源是患者和隐性感染者，属于人类疾病。

    （四）传播途径不同

    口蹄疫是通过接触病畜口腔、蹄冠部的溃疡烂瘢，经皮肤黏膜感染的；偶尔也有食用了病毒污染而又未加热(巴氏消毒)的奶感染的。因此，人患口蹄疫是极为散在发生的。

    手足口病是由于接触病人，通过日常生活用品、食具、玩具的污染经口感染的，也可通过呼吸道传播。因此，可出现不同规模的流行。